Crkva bosanska se i po strukturi razlikovala od ostalih crkava u okruženju. Imala je ptpuno izgrađenu crkvenu organizaciju i hijerarhiju. Po svemu sudeći, radilo se o ustanovi redovničkog karaktera i otome svjedoči više izvora. Jedna odluka dubrovavačkog Malog vijeća iz 1403. godine navodi “patarene ili redovnike bosanske sljedbe”, a Dubrovčani su svog sugrađanina Ivana Stojkovića i Bazelski koncil izvijestili da narod bosanske patarene zove redovnicima, iako bi bilo ispravnije reći da su oni “bez vjere, reda i pravila”. U aprilu 1442. godine Dubrovčani su preuzeli poklad kralja Tvrtka II, te se obavezali da će s tom imovinom postupati onako kako je kralj naredio u svom zapečaćenom listu kojeg bude napisao “pred redovnicima rimske vjere ili vjere bosanske”. I herceg Stjepan Vukčić je u oporuci gosta Radina Butkovića nazivao “svojim redovnikom”. Ovi redovnici, članovi Crkve bosanske, u izvorima su nazivani “krstjani”, živjeli su i djelovali u zajednicama. Stanovali su u “hižama”, odnosno kućama, nazivanim u savremenim dubrovačkim izvorima “case dei paterini”. Nije sasvim jasno da li se pojam “krstjani” može primjeniti i na sve vjernike Crkve bosanske, odnosno običan puk ili samo na redovnike. U reodvničkoj hijerarhiji iznad krstjana sastajali su “strojnici” ili “poglavitii krstjani” koji su obavljali različite službe i dužnosti. Oni su se sastojali od po rangu nižih “staraca” i viših “gosta”. Iznad krstjana, staraca i gostiju, na čelu crkvene organizacije se nalazio vrhovni poglavar s titulom “djeda” kako je često oslovljavan u vladarskim ispravama ili drugim dokumentima, odnosno “episkup Crkve bosanske” Isprva im je sjedište bilo u Moštru, gdje se nalazika kuća djedova i gdje su sastavljane i pisane neke isprave bana Stjepana II Kotromanića, da bi se potom premjestili u Janiće, nedaleko od današnje Zenice. Poimenice znamo tek šest djedova Crkve bosanske, tj. Radoslava (1322), Rastudija (1393), Radomira (1404), Mirohnu (1427), Miloja (1446) i Ratka koji je djelovao u vrijeme vladavine kralja Tomaša.