Nacionalna buđenja na Balkanu i slabljenje Osmanskog carstva donijeli su teške posljedice muslimanima ovog područja, posebno tokom druge polovine 19. stoljeća. Taj period obilježen je masovnim zločinima i velikim migracijama. Statistike pokazuju da su tokom 1870-ih muslimani činili približno polovinu stanovništva Balkana. Do 1890. godine, prema nekim istraživačima, ubijeno je više od 300.000 muslimana, dok je preko pet miliona bilo prisiljeno iseliti se u Anadoliju. Jedan od ključnih događaja bio je Berlinski kongres 1878. godine, kojim je Bosna i Hercegovina stavljena pod upravu Austro-Ugarske. Iako je okupacija pružila zaštitu od napada iz Srbije i Crne Gore, izazvala je novi val iseljavanja muslimanskog stanovništva. Poseban udarac za Bosnu bilo je odvajanje Novopazarskog sandžaka od ostatka teritorije. Pokret protiv iseljavanja Bošnjaka razvio se paralelno s procesom migracija, a predvodili su ga istaknuti bošnjački intelektualci. Među njima je značajnu ulogu imao Mehmed Teufik-ef. Azapagić, koji je obavljao dužnost reis-ul-uleme u Bosni i Hercegovini od 1893. do 1909. godine. Glas protiv iseljavanja podigao je i hadži hafiz Muhamed Emin Hadžijahić, koji je 1884. godine u listu Vatan objavio tekst pod nazivom Patriotizam, pozivajući sunarodnjake da ostanu u domovini. Neprihvatanje okupacije 1878. i kasnije aneksije 1908. godine natjeralo je mnoge Bošnjake da napuste Bosnu i Hercegovinu, odlazeći prema Osmanskom carstvu.