Pokret „Mladi muslimani“ počeo je da se formira 1939. godine, iako su se razgovori i druženja među mladićima dešavali i godinama ranije. Esad Karađozović, Emin Granov i Husref Bašagić su se družili i razmjenjivali ideje u Prvoj realnoj gimnaziji. Tarik Muftić, koji je pripadao mlađoj generaciji, okupljao je društvo u svojoj mahali. Ta grupa se u početku zvala „Naprednjaci“, iako im taj naziv nije odgovarao jer je podsjećao na komuniste. Zvali su se i „Mi“, a zatim su, prema riječima Tarika Muftića, na prijedlog njegovog starijeg brata Ragiba, usvojili ime „Mladi muslimani“. Na početku je udruženje, tada još pod nazivom „Naprednjaci“, imalo karakteristike tipične omladinske grupe, bavili su se sportom, družili se i međusobno pomagali u učenju za školu i fakultet. Udruženje koje je prethodilo pokretu „Mladi muslimani“ uglavnom je okupljalo mladiće iz sarajevske ulice Očaktanum. To je bio začetni krug iz kojeg će kasnije nastati udruženje „Mladi muslimani. Nakon 1941. godine, navedenim pokretačima pridružili su im se i mlađi članovi poput Nedžiba Šaćirbegovića, Alije Izetbegovića, Vahida Kozarića, Ešrefa Čampare, Edhema Šahovića, Muamera Sadovića i drugih.
Pokret „Mladi muslimani“ nastao je kao reakcija mlade bošnjačke inteligencije na političke i društvene prijetnje tog vremena. Među glavnim razlozima bili su: nepriznavanje nacionalnih prava Bošnjaka, planirana podjela Bosne kroz sporazum Cvetković–Maček, slabost bošnjačkih političkih institucija, te uspon fašizma i komunizma, ideologija neprihvatljivih za muslimane. Takođe, Bošnjaci su bili vojno nezaštićeni dok su četničke i ustaške ideologije postajale sve agresivnije.
Nakon 1940. godine, grupa se počinje više baviti vjerskim temama i razvija jake antikomunističke stavove. To je posebno došlo do izražaja kada su neki članovi, poput Karađozovića i Granova, otišli na studije u Beograd. Tamo su u konviktu „Osman Đikić“ došli u sukob s muslimanskim komunistima, koji su bili netolerantni i ismijavali vjernike. To iskustvo je pojačalo njihovo odbacivanje komunističke ideologije i učvrstilo stav da je komunizam glavni neprijatelj njihove grupe.
Pokret „Mladi muslimani“ zvanično je osnovan 23. marta 1941. na skupštini koju je vodio Tarik Muftić, uz prisustvo 40–50 mladih, ali nije uspio da se registruje zbog izbijanja rata ubrzo nakon toga.
Nakon raspada Kraljevine Jugoslavije i uspostave fašističke NDH, „Mladi muslimani“ su se distancirali od ustaških struktura, odbijali su da učestvuju u „Ustaškoj mladeži“, zbog čega su bili pod sumnjom vlasti. Iako im je ponovo odbijena registracija, nastavili su s radom, okupljanjima i pripremama. Time su jasno pokazali svoj antifašistički stav.
U jesen 1941. mnogi članovi „Mladih muslimana“ odlaze na studije u Zagreb i tamo nastavljaju svoje aktivnosti. U proljeće 1942. priključuju se organizaciji „El-Hidaja“ kao omladinska sekcija, s ciljem legalizacije djelovanja i veće slobode rada. Predsjednik „El-Hidaje“, Mehmed ef. Handžić, usmjerava energiju i ideje mladih, čime vjerovatno sprečava represiju NDH vlasti prema njima. Iako je Handžić prepoznao vrijednost pokreta, dio članova, uključujući Aliju Izetbegovića i Nedžiba Šaćirbegovića, protivio se priključenju, smatrajući da je „El-Hidaja“ previše vezana za vjerski establišment (hodže), što su posebno Izetbegović i drugi kritikovali.
Tokom Drugog svjetskog rata, članovi pokreta „Mladi muslimani“ pomagali su bošnjačkim izbjeglicama iz Posavine, istočne Bosne i Sandžaka, najčešće kroz rad humanitarne organizacije „Merhamet“, a neki su zbog toga i stradali.
Pored humanitarnog rada, bavili su se i obrazovanjem mladih, držeći predavanja i sijela, posebno u džamijama. Time su sticali poštovanje naroda, a broj članova se povećavao. Zbog rasta interesa, pokret se širio i otvarao podružnice u brojnim gradovima u BiH i šire, uključujući i Dubrovnik.
Ženski ogranak pokreta „Mladi muslimani“ formiran je 5. septembra 1943. godine u Ujedinjenoj medresi na Bentbaši. Zbog svog aktivizma, mnoge članice su 1949. godine uhapšene tokom velikog obračuna komunista s pokretom i osuđene na zatvorske kazne od 7 do 27 mjeseci. Prva predsjednica ženskog ogranka, Aziza Alajbegović (nakon udaje Šaćirbegović), uhapšena je 1946. zajedno sa mužem, te je osuđena na godinu dana zatvora s prinudnim radom.
Kada su komunisti preuzeli vlast, u početku nisu odmah krenuli u progon „Mladih muslimana“, iako je ovaj pokret otvoreno izražavao svoje protivljenje komunističkoj ideologiji. Njihov stav i nezavisnost tolerisani su dok nisu pokušali da formiraju i upravljaju kulturnim društvom „Preporod“. Ova inicijativa je bila izraz želje „Mladih muslimana“ da očuvaju i razvijaju svoj identitet i ideje unutar društva, mimo komunističke kontrole. Na osnivačkoj skupštini „Preporoda“, održanoj 1945. godine, okupilo se oko hiljadu mladomuslimana, a njihovi glasni i žustri nastupi, naročito Alije Izetbegovića i drugih istaknutih članova, bili su neočekivani za komunističke predstavnike prisutne na skupu. Ovaj događaj bio je prvi ozbiljniji izraz neslaganja i pobune protiv komunističkog režima. Iako su komunisti na početku dopustili da „Mladi muslimani“ učestvuju u organima „Preporoda“, to je trajalo samo nekoliko meseci. Nakon toga su ih masovno pohapsili i optužili za saradnju sa okupatorskim vlastima, što je bio lažan povod za obračun. Na sudu je izvedeno 12-13 članova pokreta, među kojima su najpoznatiji bili Nedžib Šaćirbegović, osuđen na četiri godine, Alija Izetbegović na tri godine, i Ešref Čampara na dve godine zatvora. Ovaj proces je označio početak sistemskog progona „Mladih muslimana“ od strane komunističkog režima, koji je u narednim godinama nastavio da ih prati, hapsi i kažnjava, shvatajući ih kao opasnost za svoju vlast i ideologiju. Uprkos pritiscima, ideje i duh pokreta nisu ugašeni, već su se nastavili prenositi i razvijati i u godinama koje su usledile. Za Izetbegovića je zapravo bila sreća što je uhapšen ranije, 1946. godine, jer je kasniji veliki proces protiv „Mladih muslimana“ 1949. mogao završiti njegovom smrtnom kaznom. On je to kasnije i sam priznao, bio je svjestan koliko je to ranije hapšenje praktično spasilo njegov život.
Sarajevski proces 1949. bio je sudski postupak u kojem je optuženo više članova organizacije „Mladi muslimani“ za navodne protivdržavne aktivnosti. Suđenje je počelo 1. augusta 1949. u Sarajevu, a optuženi su bili Hasan Biber, Halid Kajtaz, Omer Stupac, Nusret Fazlibegović, Ismet Serdarević, Tarik Muftić, Teufik Velagić, Hilmija Muftić i Esad Kojić. Kasnije su u optužnicu dodani Mahmut Jarebica, Kemal Kurbegović, Ramo Habota, Ejub Hadžić i Sulejman Musakadić. Optuženi su teretili da su tokom Drugog svjetskog rata, pod pokroviteljstvom ustaša i Gestapoa, pomagali formiranje Handžar-divizije — muslimanske jedinice ustaškog režima. Nakon rata, navodno su ilegalno pokušavali obnoviti organizaciju za provođenje terorističkih i diverzantskih aktivnosti protiv nove vlasti. Optužba je tvrdila da su planirali nasilno rušenje komunističkog poretka, koristeći povoljnu situaciju nastalu Rezolucijom Informbiroa (koja je označila raskol između Jugoslavije i Sovjetskog Saveza) kao šansu za akciju. Tužitelj Enver Krzić je u optužnici isticao vezu „Mladih muslimana“ sa Informbiroom i njihovim „nasilnim planovima“. Optuženi su, prema optužnici, držali sastanke, izradili pravila organizacije i prisegu, prikupljali oružje i planirali širenje aktivnosti širom Jugoslavije, uključujući i Makedoniju. Navodno su pohađali obuke za padobranstvo, jedrenje, vožnju i radio-telegrafiju, te distribuirali islamske brošure koje su navodno izazivale vjersku mržnju prema Srbima i Hrvatima. Presude su donesene vrlo brzo, 11. augusta 1949. godine i to: Hasan Biber, Halid Kajtaz, Omer Stupac i Nusret Fazlibegović osuđeni su na smrt strijeljanjem, s konfiskacijom imovine i trajnim gubitkom građanskih prava. Ismet Serdarević dobio je 20 godina zatvora s radom i konfiskacijom imovine. Mahmut Jarebica i Tarik Muftić osuđeni su na 12 godina zatvora. Hilmija Muftić dobio je 16 godina zatvora. Ramo Habota osuđen je na 8 godina. Ejub Hadžić na 7 godina. Kemal Kurbegović i Sulejman Musakadić osuđeni su na po 3 godine zatvora. Sve presude uključivale su i konfiskaciju imovine i gubitak građanskih prava na određeni period. Ovaj proces bio je jedan od ključnih primjera komunističke represije nad bošnjačkom intelektualnom i političkom elitom, s ciljem potpunog slamanja organizacije „Mladi muslimani“ i njihovih ideja. Proces je također bio intenzivno praćen u medijima i iskorišten kao sredstvo političke propagande.
Do 1950. komunisti su zatvorili ili ubili gotovo svu bošnjačku inteligenciju koja se razlikovala od njihove ideologije, posebno članove pokreta „Mladi muslimani“. Oko 1.200 njih prošlo je kroz istrage i zatvore 1949. godine. Bošnjački intelektualci su gotovo potpuno uništeni, a Bošnjaci komunisti nisu zastupali interese svog naroda.
Mustafa Busuladžić, jedan od najvećih intelektualaca toga vremena, osuđen je na smrt i ubijen, a ne zna se gdje je sahranjen. Mnogi članovi „Mladih muslimana“ ubijeni su tokom rata i nakon njega, uključujući Esada Karađozovića, koji je pokušao pobjeći, ali je likvidiran. Tokom i nakon masovnih hapšenja 1949. godine, pored Bibera, Kajtaza, Fazlibegovića i Stupca, ubijeni su i drugi intelektualci, a za 13 njih nije poznato gdje su sahranjeni.
Nakon izlaska iz zatvora, „Mladi muslimani“ su se ponovo okupljali, održavali predavanja i pisali u časopisu Preporod. Važni članovi poput Alije Izetbegovića razvijali su svoje ideje, a nastala je Islamska deklaracija.Vlasti su ih optužile za rušenje poretka u montiranom sudskom procesuu Sarajevu 1983. godine, zbog čega su mnogi osuđeni na zatvor. Nakon pada komunizma, oslobođeni su. Ponovo su se organizovali, osnovali političku stranku SDA, te igrali ključnu ulogu u osamostaljenju BiH i organizaciji odbrane. Danas se Udruženje “Mladi muslimani” bavi edukacijom, nacionalnim i vjerskim radom kroz različite aktivnosti i medije.
Komunističke vlasti su između 1946. i 1949. serijom montiranih suđenja pokušale da unište pokret „Mladi muslimani“. Iako su ga tada „službeno“ ugasile, njegovi članovi su nakon izlaska iz zatvora nastavili ilegalno djelovati i širiti iste ideje. Zbog toga se smatra da je pokret preživio u svom duhu sve do kraja osamdesetih, kada je započela osnivačka faza SDA. Tako se odbacuje tvrdnja da su „Mladi muslimani“ prestali postojati 1949. godine.
Organizacija „Mladi muslimani“ je autentični bosanskohercegovački pokret nastao iz ličnih iskustava njenih osnivača, vođen idejama antikomunizma, kur’anskog svjetonazora i islamskog jedinstva. Predstavlja integralni dio bošnjačke islamske tradicije i nije proizvod utjecaja stranih islamskih organizacija. Kao takva, nastojala je očuvati islamski identitet i ponuditi viziju svijeta u kojem muslimani sami oblikuju svoju sudbinu.
