Za razliku od mirnijih provincija u unutrašnjosti Carstva, Bosanski ejalet imao je izrazito militarizovanu unutrašnju strukturu. Granice su bile žive, često pokretne, pa je i civilna vlast bila u službi odbrane. Iz tog razloga, posebnu su važnost imale kapetanije – vojne oblasti pod upravom lokalnih vojnih glavešina (kapetana), koje su naročito ojačale od 18. stoljeća. One su bile defanzivna vojna struktura i posebna struktura vlasti u odnosu na sandžačke i kadijske sisteme, ali nerijetko i djelotvornije na terenu.

Također, Bosanski ejalet bio je jedan od rijetkih u kojem je vremenom porasla uloga muslimanske gradske aristokratije – ajani, kapetani, imućni trgovci i predstavnici uleme su postupno preuzimali veći dio upravnih i fiskalnih nadležnosti, što je u 18. i 19. stoljeću dovelo i do unutrašnjih političkih napetosti i pokušaja autonomije, poput pokreta Husein-kapetana Gradaščevića.

Mustafa Dedović