Osmanska okupacija Bosne označila je početak organizacije novog vojnog sistema na njenoj teritoriji. Po uzoru na druge dijelove Carstva, u Bosni su formirane vojne jedinice koje su činile temelj osmanske pogranične odbrane. Posebnu ulogu u tom sistemu imale su kapetanije, uvedene krajem XVI stoljeća. Njihovi zapovjednici – kapetani – često su poticali iz najuglednijih bošnjačkih porodica, a oko kapetanija se vremenom koncentriše glavnina bosanske vojne moći.

Prema osmanskim izvorima, Bosanski ejalet je tokom XVIII stoljeća u ratnim uslovima mogao mobilisati do 60.000 ljudi, što je predstavljalo oko 6–7% ukupnog stanovništva. Takva mobilizacijska sposobnost svjedoči o značajnoj militarizaciji i strateškom značaju ovog prostora. Vojne jedinice bile su hijerarhijski uređene: džemati (14–96 ljudi), buljuci (do 100 ljudi), ode (5–10 ljudi) i bajraci (50–60 ljudi). U njima su djelovali različiti vojni redovi: janjičari (sultanovi i domaći), spahije (lokalne i granične), gradske posade (azapi, mustahfizi, tobdžije, derbendžije), sejmeni i mobilizirano stanovništvo – neferi.

Ovaj vojni sistem bio je čvrsto povezan s društvom, jer su vojni poslovi često bili nasljedni i porodično vezani, što je doprinijelo formiranju slojevitog, ali efikasnog sistema odbrane koji je u mnogome definisao političku i sigurnosnu dinamiku Bosne pod Osmanskim Carstvom